Bicampeão cearense em 1994 e 95, o Ferrão voltou a participar da Copa do Brasil por dois anos seguidos. Em 1995, enfrentou o Remo/PA, e em 96, teve, novamente, o Goiás pela frente, sendo eliminado precocemente em ambos os anos. Ramon Ramos era o técnico coral nas duas oportunidades. Em 2004, na última participação coral até então, o América/RN foi o primeiro adversário. E deu Ferrão, com direito a goleada de 4×0, no PV. Veio a segunda fase e o Corinthians/SP, de Rincón e Jô, foi o algoz do Ferroviário, que encerrava ali sua campanha, em um Castelão com grande público.
Jogos do Ferrão na Copa do Brasil:
05/02/1984
Ferroviário 1×0 Confiança
Estádio Castelão – Brasileiro Série A
Gol do FAC: Jorge Veras
15/02/1984
Confiança 4×1 Ferroviário
Estádio Batistão – Brasileiro Série A
Gol do FAC: Betinho
12/10/1997
Confiança 3×2 Ferroviário
Estádio Batistão – Brasileiro Série C
Gols do FAC: Somar e Carlos Silva
19/10/1997
Ferroviário 2×1 Confiança
Estádio Elzir Cabral – Brasileiro Série C
Gols do FAC: Cantareli e “contra”
Obs: Na disputa por pênaltis, 3×1 para o Ferrão. Marcaram Alex, Marcelo e Danilo. Goleiro Fábio, que anos depois viraria ídolo no Confiança, foi o herói coral defendendo importantes cobranças naquela manhã (sim, manhã – clique e relembre em matéria do Almanaque do Ferrão).
13/08/2006
Confiança 2×2 Ferroviário
Estádio Batistão – Brasileiro Série C
Gols do FAC: Glaydstone e Éverton
03/09/2006
Ferroviário 2×1 Confiança
Estádio Presidente Vargas – Brasileiro Série C
Gols do FAC: Cristiano (2x)
